我院的前身是成立于1957年的黑龙江省祖国医药研究所（俗称“祖研”），现已发展成为我省规模较大的集医疗、科研和研究生教育于一体的综合性中医药机构，先后荣获“全省小康建设先进集体”和“全国卫生系统先进集体”的荣誉称号。随着规模的发展和功能的不断健全，2013年我院正式更名为黑龙江省中医药科学院。
我院占地面积5万平方米，建筑面积11万平方米，分三个院区，现有医疗床位1800张,设内、外、妇、儿等一级诊疗科目23个，设肾病、心病、针灸、老年病、骨伤等二级诊疗科目47个。现有人员1600多人，具有正、副高级职称专家255人，其中享受省政府和国务院特殊津贴专家34人，名中医和省级名中医29人，二级教授13人，三级教授18人，并拥有国医大师张琪教授，人类非物质文化遗产中医针灸代表性传承人张缙教授，全国知名中医药专家郭文勤教授、王铁良教授、吴秉纯教授、张佩青教授等知名专家和一大批优异的中医药人才。
我院现有国家区域诊疗中心2个，国家临床重点专科4个，国家中医药重点学科和重点专科16个，国家中医重点研究室1个，国家中医药科研三级实验室5个，省政府领军人才梯队10个，省重点实验室1个。同时我院下设中医临床、针灸、中药、中西医结合、中医基础理论5个研究所，国家中药剂型改革基地和《中国中医药科技》杂志社设在我院。
在研究生教育方面，我院拥有中医学、中西医结合、中药学3个硕士一级学科学位授予权，拥有硕士研究生导师55名，博士研究生导师6名，现在院研究生224名。1999年我院被人事部批准为博士后科研工作站。
建院以来共取得科研成果347项，获得部省级以上科技奖励115项，共研制出中药新产品46个和20种大健康系列产品投放市场，其中包括“刺五加”、“满山红”、“双黄连粉针剂”等具有里程碑意义的产品和“宁神灵”、“骨筋丹”、“丹王颗粒”、“葛根芩连微丸”、“芩百清肺浓缩丸” 等具有自主知识产权的中药新产品。据不完全统计，我院转让我省企业的中药产品年创产值近10亿元，其中“双黄连粉针剂”自投产以来已创产值达40亿元以上， 并被省委、省政府评为推进“八大经济区”和“十大工程”建设先进单位，为我省医药工业和中药产业化发展提供了强有力的科技支撑。