复旦大学附属上海市第五人民医院为三级乙等综合性医院，创立于1904年，前身为英国人建造的“西人隔离医院”，院址旧称靶子路41号（现武进路85号）。1939年由日本同仁会接办，改称“同仁会医院”。1945年收归国有，定名为“上海市市立第五医院”，新中国成立后，命名为“上海市第五人民医院”，我国一代名医张涤生、李宝实、张锡泽、彭友珍、陶滦、应元岳、马永江等均曾在医院工作过。1960年2月，为配合闵行工业基地的建设，医院整体迁址于闵行鹤庆路801号。1961年原上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）正式将医院作为临床教学基地。医院一度又称“上海市闵行区中心医院”、“上海市工农医院”。1984年11月，医院恢复使用“上海市第五人民医院”院名。1989年，经上海市教委、上海市卫生局和上海医科大学再次认定为原上海医科大学教学医院。
      1998年9月，闵行区人民政府和原上海医科大学正式签订了区校共建协议，2004年10月，在医院建院100周年之际，经上海市卫生局和上海市教委考核后批准，正式成为复旦大学附属医院，同时签订第二轮区校共建协议。
      2010年9月21日，闵行区人民政府与复旦大学举行第三轮合作共建上海市第五人民医院签约仪式。新一轮共建的目标是：通过整合复旦大学医学学科人才、科研优势，着重打造医院重点学科，提升科研水平和建设医学高级人才队伍，把医院建成“服务优异、技术先进、三级水准”的区域医疗中心，带动闵行区医疗卫生事业整体快速发展，不断满足居民多层次多样化的医疗卫生服务需求。2010年12月31日，医院通过三级乙等综合性医院评审。
      目前，医院核定床位630张，实际开放床位750张，年门急诊量超180万人次，住院病人近3万人次，设有37个临床医技科室。泌尿外科、神经内科为上海市医学重点专科；第三批上海市中医临床优势专科——中医科（肺病科）完成上海市中医药三年行动计划的阶段性总结；上海市中西医结合重点病种建设项目——肾内科（糖尿病肾病）正在建设中；肾内科、神经内科、内分泌科、创伤急救危重医学中心已列入复旦大学“医院优势学科建设项目” ，呼吸内科、病理科、骨科被列入第二轮复旦大学“医院优势学科建设项目”；神经外科、神经内科、放射科通过闵行区新一轮医学特色专科（2010—2012年）验收，内分泌科、神经外科、妇产科、普外科（结直肠肛门科）列入新一轮的闵行区特色专科。
      结合医院发展规划，中医科重点加强优势专科（专病）建设，并有效建立与其他临床科室的业务合作机制。2003年建成上海市卫生局中医药科研实验室：临床药理一级实验室。2011年，医院成为国家中医药管理局第三批中医药防治传染病临床基地建设单位。2012年中医肺病通过评审，成为上海市中医临床优势专科。2012年医院成功创建全国综合性医院中医药工作示范单位，中医科被列为上海市中医优势学科。
2005年5月，在复旦大学附属华山医院的支持下，我院神经外科加入华山医院神经外科集团成为“上海市华山神经外科（集团）医院市五分院”。在垂体瘤的综合诊治及脑血管疾病介入治疗等方面学科特色鲜明，该学科介入治疗为2010-2012年度闵行区医学特色专科项目。
      在复旦大学及其多家附属医院的大力支持下，2007年复旦大学血液病中心落户五院，依托该中心，复旦大学血液病实验室于次年建成。血液病中心在中国工程院陆道培院士的领衔下，形成以干细胞移植和血液病肿瘤治疗为特色的专科优势。血液病学目前是复旦大学内科学（血液病学）硕士学位点之一，并且该学科为上海市住院医师规范化培训基地。
      为搭建科研平台，2005年开始，医院分期投资数百万元建立了中心实验室，并将医院原先建成并已运行的临床药理实验室、泌尿外科实验室、血液实验室进行资源整合，充分发挥作用。为进一步做好区域内慢性病的防治，使得科研与临床并举，在此基础上于2009年揭牌建成“闵行区慢病管理与科研平台”。目前该平台依托中心实验室运行，建立了以信息化为依托的三级医院与闵行区疾控中心及社区卫生服务中心联动的慢性病管理新模式，为实现慢性病早期干预提供技术支撑体系。在闵行区政府和区卫生计生委的支持下，医院率先揭牌成为“闵行区医学科研平台”、“闵行区医学科技孵化基地”。
      2013年3月13日至16日，医院接受国家食药局药品认证管理中心专家组现场评审，共涉及3个复核评审专业和11个新申报专业。肾病学、泌尿外科和神经内科3个复核专业组通过国家药物临床试验机构资格认定复核检查。2012年检验科通过ISO15189实验室认可工作评审专家组的现场认证并获ISO15189实验室资质证书。
      2004年起，我院开始独立招收培养复旦大学临床医学硕士、博士研究生。医院承担复旦大学上海医学院、上海中医药大学、上海东海职业技术学院、上海健康职业技术学院、上海欧华职业技术学院、皖南医学院、蚌埠医学院等高等院校临床教学与实习任务。设有复旦大学硕士点8个、博士点3个、皖南医学院硕士点 5个，医院为复旦大学博士后流动站。医院共有9个上海市住院医师规范化培训基地（全科医学、外科、医学影像、内科、妇产科、急诊科、康复医学科、普外科、血液科）、5个教学基地（神经内科、肾内科、内分泌科、血液科、耳鼻喉科）。
      根据《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》关于“深化基层医疗卫生机构综合改革，健全网络化城乡基层医疗卫生服务运行机制”的要求，在闵行区卫生计生委的领导下，深化与社区卫生服务中心的协作，加强区域医疗联合体建设。我院安排医生定期下基层，在社区卫生服务中心开展医疗、教学等工作，进一步完善社区卫生双向转诊、会诊中心、预约挂号等服务。通过信息化技术，促进区域公共卫生服务资源整合，目前已建成PACS会诊中心、心电图会诊中心和超声会诊中心，可开展远程会诊、远程查房和远程医学教育。加快医院电子病历系统建设，逐步实现电子病历与居民电子健康档案的有效衔接。继续做好“闵行区慢病管理与科研平台”的建设，支持社区医疗服务和慢病防治工作，实现区内医疗卫生资源纵向整合，充分发挥区域医疗中心的作用。
      2005年10月，为保障配合上海市2010年世界博览会建设，使市区动迁到浦江世博家园的居民能得到及时的、良好的医疗卫生服务，根据市、区各级领导的指示，医院在世博家园设立门诊部。为保障门诊部的医疗质量，医院在医务人员非常紧张的情况下，抽调出医务、护理、检验、医技等部门骨干到世博家园门诊部开展工作，目前年门诊量超20万人次。门诊部的医务人员本着“尽我们所能，一切为病人着想”的宗旨，全心全意为世博家园的病人服务，除坐堂门诊，还主动提供出诊和上门服务，优质医疗服务和低廉服务费用得到世博家园百姓的充分肯定。